در قسمت ذیل ماده 2 موافقتنامه پیمان به نحوه رفع تعارض در بهای کار اشاره شده و بر این اساس اگر بین اسناد پیمان با سند فهرست بها تعارض حاصل شود، مثلاً در سند مشخصات فنی خصوصی پیمان بهای کالا 1000 ریال ذکر شده و در سند فهرست بها همان کالا 2000 ریال باشد مبنای تصمیم گیری دادگاه مبلغ مندرج در فهرست بها خواهد بود.

در ماده 2 موافقتنامه پیمان تصریح شده است که هرگاه بین مشخصات فنی پیمان تعارض و دوگانگی وجود داشته باشد اولویت به ترتیب با مشخصات فنی خصوصی، نقشه های اجرایی و مشخصات فنی عمومی است. مثلاً اگر متراژ پروژه در سند مشخصات فنی خصوصی پیمان 2000 متر مربع قید شده باشد ولی در نقشه های اجرایی این متراژ 2500 متر مربع باشد ملاک دادگاه یا سایر مراجع ذیربط برای تصمیم گیری 2000 متر مربع خواهد بود.

طبق مفاد ماده 2 موافقتنامه پیمان
در صورت وجود دوگانگی بین اسناد و مدارک پیمان، موافقتنامه پیمان بر دیگر اسناد و مدارک پیمان اولویت خواهد داشت.
به عنوان مثال اگر مفاد سند شرایط خصوصی پیمان با مفاد موافقتنامه پیمان تعارض داشته باشد ملاک تصمیم گیری دادگاه مفاد موافقتنامه خواهد بود.

جناب آقای مهندس.... در سال 1394 به درخواست یکی از آشنایان و با مقداری انگیزه مالی و صد البته بدون دریافت مشاوره حقوقی، پذیرفت که نام، مدرک تحصیلی، اعتبار شغلی و ارزش علمی اش به عنوان سهامدار و عضو هیات مدیره در شرکت..... (به طور صوری) مورد استفاده قرار گیرد.
آگهی تغییرات هیات مدیره در شرکت.... منتشر و رتبه و مجوزهای لازم از سازمان نظام مهندسی دریافت و پروژه ها یکی پس از دیگری به شرکت وارد و اجراء گردید.
پس از چندی، (فرض بفرمائید در سال 1396) جناب آقای مهندس....با ممنوع الخروجی مالیاتی و بانکی و نیز با توقیف اموال و حسابهای بانکی، ممنوعیت از دریافت دسته چک، ممنوعیت از ثبت شرکت، ممنوعیت از عضویت در هیات مدیره و مدیریت شرکتها، ممنوعیت از دریافت و تمدید پروانه نظام مهندسی و دهها ممنوعیت و محدودیت تامین اجتماعی، مالیاتی، صنفی، شغلی، بیمه ای، بانکی و... که متضمن دهها میلیارد ریال خسارت و از دست دادن آزادی شغلی و رفاه اجتماعی و اقتصادی اش مواجه گردید.
این، یک داستان، نبود. اینها بخشی از خطرات، خسارات و تهدیداتی است که در کمین شما نیز هست.
هزینه عدم مشاوره در هنگام تصمیم گیری برای آقای مهندس..... بالغ بر صدها میلیون تومان به اضافه دهها میلیون تومان هزینه دادرسی و وکیل و...
و صد البته با قبول این واقعیت که در بسیاری از موارد، کار از کار، گذشته است.
هزینه مشاوره در هنگام تصمیم گیری برای آقای مهندس.....حداکثر یک میلیون تومان.
و صد البته با این یقین که از ورود صدهها میلیون تومان خسارت، پیشگیری شده یا صدهها میلیون تومان، منفعت بدست آمده است.
از مشاوره حقوقی، پیش از تصمیم گیری یا در هنگام پذیرش تعهد و انعقاد قرارداد، غفلت نکنید.

گفته شد که اسناد پیمان جزو اسناد رسمی بوده و واجد آثار مترتب بر اسناد رسمی می باشد، ولی شرکت های خصوصی که از قالب قرارداد پیمان استفاده می نمایند سند پیمان منعقده بین این شرکت ها و پیمانکاران، سند رسمی نبوده و مشمول مقررات اسناد عادی می باشند.

با توجه به اینکه اسناد پیمانکاری در نزد مامورین رسمی (دولت) و در حدود صلاحیت آنها بر طبق مقررات قانون تنظیم می شود، لذا این سند جزو اسنادرسمی تلقی شده و به لحاظ حقوقی و رسیدگی قضایی آثار مترتب بر اسناد رسمی مشمول اسناد پیمان نیز می شود از جمله اینکه در خصوص امضاء های ذیل سند پیمان صرفاً می توان ادعای جعل مطرح نمود.

توجه داشته باشد که در نوشتن موضوع پیمان ( مادهء یک پیمان ) وقت کافی مبذول نموده و از نوشتن موارد مبهم و کلی خودداری نمائید به نحوی که دو مقام اجراء کارفرما نتواند موضوعی به پیمان اضافه نموده یا پیمانکار موضوعی از آن کم نماید.
و اگر در موضوع پیمان به پیوستهایی اشاره نمودید حتماً در پیوست قرارداد جزئی ترین اوصاف وموارد را پیش بینی کنید.

موضوع پیمان همیشه تعهد به انجام عملی است که ممکن است در نتیجه انجام این تعهد مالی نیز منتقل شود.
به عبارت دیگر در قرارداد پیمانکاری، هیچگاه پیمانکار بدواً مالی به کارفرما منتقل نمی کند بلکه تعهد به انجام عملی همچون ساخت و ساز و انجام مطالعه و غیره می نماید و اگر در یک پروژه مثلاً تامین مصالح نیز با پیمانکار باشد، در این صورت اموالی که پیمانکار برای تکمیل پروژه خریداری نموده است در نهایت به کارفرما منتقل خواهد شد و لذا به لحاظ حقوقی و قضایی اثر اولیه پیمان، مشمول مقررات عقود عهدی ( تعهدی ) خواهد بود.

طرح مطالعاتی
منظور طرحی است که بر اساس قرارداد بین سازمان ویا سایر دستگاه های اجرایی یا موسسات علمی و یاغ مطالعاتی متخصص برای بررسی خاصی اجرا می گردد.
این نوع طرح ها به 2 نوع انجام می شود :
الف) برخی از طرح های مطالعاتی در واقع مقدمه با پیش زمینه ای برای اجرای طرح های عمرانی انتفاعی یا غیر انتفاعی هستند. مثلاً برای احداث یک نیروگاه لازم است که قبلاً مطالعات مکان یابی، نقشه برداری، عکس هوایی و غیره انجام شودو لذا قبل از اجرای طرح عمرانی لزوماً طرح مطالعاتی باید انجام شود.
ب) برخی از طرح های مطالعاتی مستقل بوده و ارتباطی به طرح های عمرانی انتفاعی یا غیر انتفاعی ندارند بلکه نتیجه حاصل از اجرای طرح مستقلاً قابل بهره برداری بوده و برای دستگاه اجرایی مطلوب می باشد. مانند بررسی تاثیر آموزش ضمن خدمت معلمان بر یادگیری دانش آموزان.

طرح عمرانی غیر انتفاعی
منظور طرحی است که برای انجام برنامه های رفاه اجتماعی و عملیات زیر بنایی و یا احداث ساختمان و تاسیسات جهت تسهیل کلیه وظایف دولت اجرا می گردد و هدف اصلی آن حصول در آمد نمی باشد. اینگونه طرح ها پس از بهره برداری سود ده نبوده و صرفاً برای افزایش جامعه و یا نگهداشتن رفاه جامعه در همان سطح موجود اجرا می گردند. مانند : ساخت و احداث مدرسه، جاده سازی و موارد مشابه دیگر.