در قسمت ذیل ماده 2 موافقتنامه پیمان به نحوه رفع تعارض در بهای کار اشاره شده و بر این اساس اگر بین اسناد پیمان با سند فهرست بها تعارض حاصل شود، مثلاً در سند مشخصات فنی خصوصی پیمان بهای کالا 1000 ریال ذکر شده و در سند فهرست بها همان کالا 2000 ریال باشد مبنای تصمیم گیری دادگاه مبلغ مندرج در فهرست بها خواهد بود.

در ماده 2 موافقتنامه پیمان تصریح شده است که هرگاه بین مشخصات فنی پیمان تعارض و دوگانگی وجود داشته باشد اولویت به ترتیب با مشخصات فنی خصوصی، نقشه های اجرایی و مشخصات فنی عمومی است. مثلاً اگر متراژ پروژه در سند مشخصات فنی خصوصی پیمان 2000 متر مربع قید شده باشد ولی در نقشه های اجرایی این متراژ 2500 متر مربع باشد ملاک دادگاه یا سایر مراجع ذیربط برای تصمیم گیری 2000 متر مربع خواهد بود.