در قسمت ذیل ماده 2 موافقتنامه پیمان به نحوه رفع تعارض در بهای کار اشاره شده و بر این اساس اگر بین اسناد پیمان با سند فهرست بها تعارض حاصل شود، مثلاً در سند مشخصات فنی خصوصی پیمان بهای کالا 1000 ریال ذکر شده و در سند فهرست بها همان کالا 2000 ریال باشد مبنای تصمیم گیری دادگاه مبلغ مندرج در فهرست بها خواهد بود.